Con la invasión musulmana, la “Gran Watria” o Colonia Vatria fue arrasada. Sin embargo, una vez reconquistada Toledo por Alfonso VI, comienza la repoblación de las, hasta entonces, yermas tierras intermedias entre el Tajo y la Sierra madrileña. En este empeño, la cuenca del Guadarrama fue una de las primeras, por su estratégica situación en lo que fue una encrucijada de vías romanas.
Después de varios cambios entre la ciudad de Segovia y el Arzobispado de Toledo, Alfonso VII donó al “Maestro Hugo” (monje cluniacense, médico y canónico de Toledo), entre otras posesiones en la cuenca sur del Guadarrama, las 700 hectáreas de lo que fue la Villa de Materno.
Así se estableció en lo que fue antigua Basílica una comunidad de monjes cluniacenses que pervivió hasta avanzado el primer tercio del S. XIII. Algunos autores hablan de la posibilidad de que este monasterio también lo habitaran los templarios. El culto en la Basílica dedicada por entonces a “Santa María de Batres” se mantuvo bajo esa denominación hasta tiempos recientes con fiesta comarcal que se celebraba cada uno de mayo.
Con la desamortización, las tierras del monasterio de Santa María de Batres, y la Villa de Materno, se repartieron entre los municipios de Casarrubios, Carranque y Batres, quedando incluidas tras la división provincial de 1833 dentro del término municipal de Carranque (Toledo).